A la différence des autres moines, il ne se plaisait qu'à rester en méditation, et il passa ces années à apprendre à méditer aux pieds des grands maîtres qui demeuraient au monastère. De tout son être, il n'aspirait qu'aux pratiques du Vajrayana, le véhicule de diamant, la voie rapide de réalisation spirituelle.
Pendant cette période de formation, Rinpoché effectua quelques retraites solitaires. à dix-sept ans, il reçut l'ordination monastique majeure, et c'est dans sa vingt-et-unième année qu'il entra au centre de retraite de son monastère, pour y accomplir la traditionnelle retraite de trois ans et trois mois.
Animé d'une foi et d'une dévotion sans faille, il fut à même de recevoir complètement la transmission et d'en pénétrer le sens profond. Son esprit s'imprégna totalement de celui de ses maîtres. Il pratiqua les instructions relatives aux veines et aux souffles subtils des Six Yogas de Naropa (pratiques yogiques particulières au Vajrayana). Il ne porta plus alors qu'un simple drap de coton blanc, et par sa réalisation du yoga de la chaleur psychique, le yoga de Toummo, il acquit la capacité de faire fondre la glace.
Même au cœur de l'hiver, il demeurait dans sa cellule sans chauffage, et y faisait régner la chaleur par la force de son absorption méditative. Un autre signe de sa maîtrise de la méditation fut qu'il ne connut plus ni la faim, ni la soif, et qu'il n'absorbait que très peu de nourriture. Il obtint alors la connaissance directe et définitive de tous les états de l'esprit jusqu'aux plus subtils. Après sa retraite de trois ans, il résida plusieurs années encore au monastère de Khyodrag, observant une stricte réclusion. Il pratiqua alors intensément la méditation dans la solitude.Sa porte restait fermée, et il ne recevait comme visite que celle du cuisinier qui gardait la clé de sa cellule.
Un jour, son lama-racine (lama avec lequel le disciple a créé un lien spirituel particulier), Tulkou Tendzin, vint lui rendre visite ; il fit ouvrir la porte et lui dit : " Le temps est maintenant venu pour toi de sortir. Ta méditation est parvenue à son terme, tu as obtenu la réalisation de la pratique, il n'est plus utile de rester en retraite. Tu es véritablement détenteur d'une bénédiction, et tu peux désormais accomplir le bien des êtres, en demeurant parmi la multitude. Ta réalisation est immuable, tu es semblable à un roc d'or. Tu peux en être sûr. Agis maintenant selon ta propre volonté."
Malgré ces paroles, Rinpoché resta en retraite. Après une deuxième visite de Tendzin Rinpoché, et sur l'insistance pressante du Khenpo Mingyour, un siddha (méditant accompli) résidant au monastère, et qui était l'un de ses lamas-racine, il accepta finalement de se rendre à ces injonctions et quitta sa retraite.
Il entreprit alors un pèlerinage et visita les lieux saints du Tibet et du Népal, où il fit de larges offrandes et de puissantes prières de souhaits. Après qu'une année se fut ainsi écoulée, il se remit en retraite, méditant dans différentes grottes bénies par les grands siddha du passé, tels Padmasambhava et Milarépa.
C'est là que Guendune Rinpoché paracheva sa réalisation. Bien qu'il soit présomptueux pour quelqu'un d'ordinaire de juger de la dimension de l'esprit d'un être éveillé, la puissance de l'influence spirituelle de Lama Guendune et le rayonnement chaleureux de sa compassion étaient immédiatement ressentis. Rinpoché était également renommé pour sa capacité à subjuguer les êtres non-humains, appelés traditionnellement esprits malfaisants, qui causent toutes sortes de déséquilibres, maladies physiques et mentales, influences néfastes et obstacles, dont souffrent les humains.
