Guendune Rinpoché est né l'année Terre-Cheval (1918) au Tibet oriental, dans la région du Kham, au pays de Nangtchen, dont les habitants sont célèbres pour leur bravoure et leur droiture. Nombre d'entre eux se consacraient traditionnellement à l'ascèse mystique et à la méditation dans les grottes. Le lieu où naquit Lama Guendune est vénéré pour être l'endroit où vint au monde, dans des conditions extraordinaires, un yogi légendaire, Sangyé Yerpa.
La tradition rapporte en effet qu'il fut nourri du lait d'une " dzo ", la femelle du yak. Sangyé Yerpa médita dans une grotte de la montagne, et obtint l'éveil ultime. Sur le flanc du rocher on peut encore voir une roue du Dharma apparue spontanément dans la pierre qui témoigne de sa réalisation.
Le père de Rinpoché, Mongdjé Dargyé, était sculpteur de mantra, sur bois et sur pierre. Dès son plus jeune âge, Lama Guendune éprouva une aspiration profonde pour la spiritualité. A la belle saison ses parents menaient les troupeaux aux pâturages, et toute la famille vivait sous une grande tente.
Le jeu favori de Rinpoché consistait à construire une hutte de branchages et de feuilles, un peu à l'écart, et à s'y installer en posture de méditation, déclarant : " Je suis un ermite ". Puis le jeune garçon confectionnait un siège avec de la terre, remplissait d'eau un vase, y ajoutait différentes substances et, prenant place sur ce trône improvisé, conférait des initiations, tout en récitant des prières. Rinpoché évoque ainsi cette période : " Bien que je n'eusse reçu aucune éducation religieuse, tout mon esprit aspirait au saint Dharma. J'observais la vie que menaient mes parents, des gens simples et droits ; mais les voyant soucieux seulement de cette existence, je me disais :
Toutes les préoccupations liées au monde sont inutiles et sans lendemain. Que se passera-t-il après la mort ? Une vie ordinaire ne crée rien de bon, elle ne peut conduire qu'à la souffrance. "
Je réfléchissais profondément aux tourments éprouvés par les êtres des enfers ou par les yidaks (les esprits avides). Je compris que leur condition était le résultat de leurs existences antérieures consacrées aux seules préoccupations du monde. J'éprouvai une grande pitié pour leur détresse, et je redoutais que mes parents ne connussent à leur mort un sort identique. Cette intense réflexion détourna pour toujours mon esprit des affaires du monde.
Mon père tenta bien de m'apprendre son métier, mais ses efforts furent infructueux. Je demeurais incapable de manier correctement les outils. Mes parents, inquiets de mon avenir, finirent par céder à mes requêtes répétées de trouver un maître pour m'apprendre le Dharma, et résolurent de me conduire au monastère de Khyodrag, où je pourrais à la fois recevoir une éducation spirituelle et être assuré du nécessaire.
Vers l'âge de sept ans, Rinpoché commença donc son apprentissage de la vie monastique. Bien qu'il se conformât aux règles de la communauté, il n'éprouvait que peu d'attrait pour les activités traditionnelles des moines : lecture et récitation de textes, confection de tormas, danses sacrées et autres études formelles.